Các sắc tố hữu cơ tự nhiên có nguồn gốc từ chiết xuất thực vật hoặc động vật. Chúng là phiên bản gốc của một số màu sắc nổi tiếng nhưng kém bền hơn. Ví dụ, tan từng được làm từ túi mực nhuyễn thể và cochineal được chiết xuất từ côn trùng cochineal. Màu vàng, chàm và xanh đậm của Ấn Độ ban đầu có nguồn gốc từ thực vật, và hoa thiên thảo chính hãng vẫn như vậy. Màu đen ngà, đen xương và đen nho được làm từ than làm từ ngà voi, xương và một số loại gỗ.
Trước những năm 1850, hầu hết các chất màu hữu cơ đều có nguồn gốc tự nhiên, nhưng với những tiến bộ trong hóa học hữu cơ, phần lớn đã được thay thế bằng các chất màu hữu cơ tổng hợp, một số trong đó bắt chước màu sắc có trong chất hữu cơ tự nhiên. Hình dạng vật lý và màu sắc của chất màu tổng hợp dễ kiểm soát hơn chất màu tự nhiên và chúng có xu hướng bền màu hơn và cung cấp nhiều màu sắc hơn. Các chất màu hữu cơ tổng hợp ngày nay bao gồm phthalocyanines sáng, lâu dài, quinacridones và perylene.
Các sắc tố hữu cơ được nhuộm bao gồm phthalocyanine, đỏ alizarin, đỏ anthraquinone (một chất thay thế nhẹ hơn cho alizarin), xanh Phổ, vàng Hansa, xanh Hooker, chàm, xám Payne, cam Perinon và quinacridone (cũng có đặc tính trong suốt). Mặc dù kích thước hạt sắc tố thường tương đối đồng đều nhưng vẫn có một số chất hữu cơ trầm tích hiện diện, chẳng hạn như xanh biếc, tím biếc và xanh lam. Các chất màu hữu cơ trong suốt bao gồm Rose Madder Chính hãng, Viridian và Quinacridones, tạo nên lớp men đẹp mắt.